Maa- ja metsätalousministeriön maaseutuelinkeinojen valituslautakunnan suoritteista perittävistä maksuista antaman asetuksen (1269/2009) perusteella valituslautakunnan päätöksistä peritään pääsääntöisesti käsittelymaksuna 114 euroa.

Käsittelymaksua ei peritä, jos:

• valituslautakunta muuttaa alemman viranomaisen päätöstä muutoksenhakijan eduksi;
• asia aineellisia kysymyksiä osaksikaan ratkaisematta palautetaan alemman viranomaisen käsiteltäväksi tai asia siirretään toimivaltaiselle viranomaiselle;
• muutoksenhakemus jää sillensä; sitä ei tutkita taikka se raukeaa.

Käsittelymaksu jätetään niin ikään perimättä:

• luottojen maksuhelpotusta, vapaaehtoista velkajärjestelyä tai valtion takautumisvaatimuksesta luopumista koskevassa asiassa;
• kasvinterveyden suojelemisesta annetun lain (702/2003) tai eläintautilain (55/1980) nojalla annettavan taikka yleisen edun kannalta tärkeässä ympäristön- tai työympäristön suojeluun liittyvässä asiassa annettavan päätöksen kyseessä ollessa;
• käsittelymaksun oikaisuvaatimukseen annettavasta päätöksestä;
• täytäntöönpanon kieltoa tai keskeyttämistä koskevassa asiassa; ja
• asiassa, jossa päätösasiakirja on muualla laissa säädetty maksuttomaksi.

Vuonna 2010 valituslautakunnan antamista päätöksistä oli maksullisia noin 71 %.